Строительство
Храм был сооружён как домовая церковь при ремесленной школе, созданной в 1865 г. крупным российским предпринимателем и меценатом П.И.Губониным и инженером Х.Х.Мейном для малообеспеченных детей.
Через год после покушения на императора Александра II в 1866 г. школа стала называться Комиссаровской по имени О.И.Комиссарова, спасшего Государя при покушении на него террориста Каракозова.
"Домовая Церковь"
В 1871 г. в здании училища попечительством П.И. Губонина была сооружена домовая церковь во имя св. блг. кн. Александра Невского. Храм был освящён митрополитом Московским Иннокентием в присутствии генерал-губернатора Москвы и других почётных лиц города.
Церковь представляла собой одноапсидный куб с примыкающим к нему актовым залом. Интерьеры её отличались изысканной лепниной на сводах, потолках и стенах.
Советское время
В советское время здание училища с домовой церковью было национализировано и передано военному ведомству. Здесь долгое время находилась Военно-политическая академия им. Ленина, а затем Военный университет Минобороны России.
В 1930-е годы купол храма снесли, крест сбили, иконостас, алтарь и внутреннее убранство уничтожили. В церкви устроили столовую для курсантов, а из алтаря сделали посудомоечную.
"Как и Христос возлюбил Церковь
и предал Себя за неё..."
Еф 5:25
Аукцион и продажа
В 1996 г. Минобороны России сняло с баланса подлежащее капитальному ремонту здание, и оно было вкупе с домовой церковью, являющейся его неотъемлемой частью продано с аукциона.
В 2002 г. храм получил статус Патриаршего подворья.
В в храме периодически совершалось молебное пение по св. блг. кн. Александру Невскому.
Освящение храма
13 марта 2015 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла протоиерей Владимир Диваков, секретарь Святейшего Патриарха по городу Москве, благочинный Центрального благочиния города Москвы, совершил чин малого освящения храма.
4 марта 2015 года, после 95-летнего перерыва во вновь освященном храме святого благоверного князя Александра Невского при бывшем Комиссаровском училище г. Москвы была совершена первая Божественная литургия.
Первый настоятель
В 2005 году Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия настоятелем храма святого благоверного князя Александра Невского при бывшем Комиссаровском училище Москвы был назначен священник Владимир Антонов.
23 мая 2018 в результате продолжительной болезни настоятель храма протоиерей Владимир Антонов отошёл в Вечность.
Храм сейчас
25 мая 2018 года согласно распоряжению Митрополита Истринского Арсения, первого викария Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси, управляющего центральным викариатством Москвы, в связи с кончиной протоиерея Владимира Антонова,
временно исполнять обязанности настоятеля означенного храма было поручено священнику Валерию Степанову.
9 октября 2018 года решением Святейшего Патриарха, настоятелем храма назначен священник Валерий Степанов.